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はい、違います。（お素材は同じです）
「明らかに」が具体的に何センチでなのかにもより、
それが2,3cmなのか、5cmなのかで事情は変わってきますが…

薄い色と濃い色では染料の重さが違うので、伸び方にも差が生じます。
同じデザインでも、薄い色よりも、濃い色の方が、お洋服は重くなるんです。
厚みも若干、濃い色の方が厚くなります。　また、染料によって、洗うことによる縮み率も違います。

そしてお洋服の寸法というのは、基本的には全てが同じではありません。
人が縫うものですから「縫製誤差」というものがあり、
とくにニットはその個体差が大きく、編上がりで2cm程度の誤差が出るのは常です。
よって、表示されている寸法は「基本となるサンプルの寸法」となり、
実際には細かく計るとその個体・個体の寸法に差が出てまいります。
（あまり個体差が出ないお素材もあります）
その「縫製誤差許容範囲」というのは素材により異なりますが、その素材のお洋服が、
着た時に見た目で差がわかるほどに誤差がある場合は検品ではじかれます。

これについては「おむすび＝おにぎり」を想像していただければわかりやすいと思います。
例えばおにぎりを30個握るとして、全てを完璧に同じ大きさで握るのは無理ですよね…
米粒の使用数も数えれば違うはずですし、
同じ「ような」大きさに作ることはできても、定規で計り出せば個体差が出てくるでしょう。
これが、「人が手作業で作るもの」の実態です。
逆に、寸法で言えばコンビニのおにぎりなど、機械で作るものの方が正確です。
ですから、基本的な大きさとなる「マスターサンプル」は存在しますが、
全てが完璧に同じではなく、同じではあり得ない、ということも、
（今回のワンピースとは別に）お洋服の基本的知識としてご記憶いただければと思います。

明らかに違うの「明らか」のレベルにもよりますが、
2,3cm程度でしたら染料による収縮率の差が考えられますので、
お気に召さない方のお色を再度お洗いいただき、
・伸ばしたいのであればハンガーに吊るし、縦に引っ張って伸ばし乾かす。
・短くしたいのであれば、横に引っ張って形を整え平干しする。
という風にご調節していただくことができます。